曾用刊名：水利水运科学研究
本刊于1979年创刊，由国家水利部主管，南京水利科学研究院主办，是以涉水工程等为论述主题，面向国内外水利水电、水运交通、海洋和土木工程、水文水资源和水环境等领域的学术性科技期刊。本刊被《中文核心期刊要目总览》一直确认为核心期刊，并被收录为国家科技部“中国科技论文统计源期刊”（中国科技核心期刊）；本刊已加入《中国学术期刊（光盘版）》（中国知网）等中文科技期刊数据库（全文版）。本刊被美国《剑桥科学文摘（自然科学）》（CSA（Natural Science）、《乌利希期刊指南》等国外多家重要检索系统收录并列为来源期刊。多年来，本刊作为南京水科院唯一对外交流的重要学术期刊，先后与国（境）外近50家研究机构和高等院校建立了长期资料交流关系。几十年来，本刊始终作为我国水利学科类的重要期刊，一直受到国内外同行专家学者的高度关注。
《水利水运工程学报》主要反映国内外在水利水电、水运、海洋和土木工程、水文水资源、水环境等领域中科学技术的最新成果、前沿动态、重要进展和发展趋势；报道关于重大涉水工程的规划、可行性研究、设计、科研、施工、监理以及管理工作中的新理论、新概念、新技术、新方法和新材料等；本刊内容涉及的学科和研究方向主要有：水工水力学、枢纽及环境水力学、高坝通航水力学、渗流水力学、核技术应用、泥沙运动基本理论、河流、河口海岸动力学、港口和近海工程、岩土力学基本理论、高土石坝筑坝技术、土与结构物相互作用、地基处理与加固、地质/地震灾害成因分析及防止、水工结构耐久性、水工建筑物病害评估和修复技术、高性能水工新材料、生态性环境友好材料与废渣综合利用、水文学理论与方法、防洪抗旱与减灾、水资源可持续利用、水资源配置与管理、水环境与水生态、大坝安全与管理、大坝病险机理安全诊断与风险评估等。